Trong học viện ninja hàng đầu Hayate , 1 nhóm ninja được gọi là Jakanja xâm nhập vào học viện ninja và khống chế được toàn bộ . Các học viên không bao giờ được đề cập đến và đucợ cho là đã chết . Có ba học sinh do đến trễ , nên vô tình họ thoát được , đó là : Yousuke Shiina , Kouta Bitou , Nanami Nono ................ Mugensai - Thầy của họ , tự biến mình thành một con chuột nhằm tránh khỏi cuộc tấn công của Jakanja . Bộ ba đã được đưa đến một căn cứ bí mật của Oboro - con gái Mugensai và giao cho họ Hurricane Gyros , thiết bị giúp họ trở thành chiến binh huyền thoại Hurricanger để chống lại các mối đe dọa đến từ Jakanja ......
